Osservando le isole Egadi dalle cime dei rilievi dello Zingaro, provincia settentrionale di Trapani, si nota un certo allineamento tra il Monte Cofano, il monte Erice, in Sicilia, e le isole di Levanzo e Marettimo. Basterebbe che il livello del mare si abbassasse di un centinaio di metri per collegare in un unica catena le isole e i due monti. Marettimo sembra sia divenuta isola circa 600.000 anni fa, mentre Levanzo e Favignana dovrebbero averlo fatto molto dopo, nel 6.000 a.C. Nel paleolitico, un gruppo di uomini lasciò incisioni rupestri all'interno di una grotta alla base di un piccolo rilievo costiero. Quel rilievo soltanto dopo sarebbe diventato l'isola di Levanzo e la grotta avrebbe preso il nome di "Grotta del Genovese". Il livello del mare deve però aver raggiunto, nel Pleistocene, un livello maggiore dell'attuale. Lo testimoniano le calcareniti di Favignana, intensamente cavate in passato per ricavarne conci da costruzione, e i depositi costieri coevi che si ritrovano anche nelle altre isole dell'arcipelago oltre a qualche evidente solco del battente una decina di metri al di sopra dell'attuale livello del mare visibile sulle pareti a picco della costa occidentale di Marettimo. Interessante è la visita sporadica lungo le coste di Marettimo, della foca monaca, mammifero che potrebbe tornare a popolare l'arcipelago con una diversa gestione delle risorse del mare. Un ristretto, ma interessante contingente di flora endemica, caratterizza soprattutto l'isola di Marettimo. Il prolungato isolamento dalla Sicilia ha favorito il conservarsi di alcuni paleoendemismi botanici come il Bupleurum_dianthifolium e la Pseudoscabiosa limonifolia ed il differenziarsi di alcuni neoendemismi faunistici come la lucertola Podarcis wagleriana marettimensis. Interessantissima è la geologia dell'isola costituita da una imponente successione sedimentaria calcarea del mesozoico con contatti stratigrafici e tettonici che contribuiscono alla comprensione delle vicissitudini geologiche di questa regione.
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